所谓益生菌，是通过改善宿主肠道菌群平衡、对宿主发挥有益作用的活的微生物的总称。乳制品中常常加入的益生菌主要是嗜酸乳杆菌（代号为A）和双歧杆菌（代号为B，其中包括多个品种），还有一些乳酪乳杆菌的菌株等。这些菌种的保健作用比较强（如改善消化吸收、调节肠道菌群等），且有可能在体内定植。
那么，为什么所有酸奶中都要加S和L这两个菌种，而不是用A和B这些益生菌来发酵做酸奶呢？这是因为，单独用这些益生菌发酵的乳制品口感不理想。而且它们的生存条件苛刻，很难保证发酵成功。比如说，双歧杆菌（B）是厌氧菌，它们非常娇气，只要一见氧气就会死亡，而一般的发酵方法很难完全避免氧气。因此，为了保证酸奶的味道和口感令人满意，通常都会将益生菌与S和L这两个“常规”菌种混合搭配使用。目前，最常见的益生菌酸奶是在S和L之外再添加A菌和B菌中的某些菌株。
值得一提的是，并不是只有含益生菌的酸奶才值得喝，传统酸奶虽不含活性乳酸菌，但其营养价值也不能被忽视。这是因为，在乳酸菌发酵过程中，牛奶的营养成分并没有减少，而且这个过程分解了乳糖，维生素含量有所增加，钙的利用效率上升，还产生了帮助分解乳糖和蛋白质的酶类等。所以，即便没有特殊的益生菌，喝酸奶也是有益处的。
介绍完上面的基本知识后，我们再来说说自制酸奶用什么菌种好吧。
家庭自制酸奶的菌种一定要有保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌这两种菌，否则酸奶就很难做成，或者风味很难令人接受。有这两种菌就足以做成酸奶。如果想增加其他保健菌，也一定要按照说明上建议的比例，和这两种菌混合使用才可以，但不必太过执着于保健菌的种类多少，更不能全用保健菌种来做酸奶。
如果不买菌种也没关系，只要找到市场上自己比较喜欢的益生菌酸奶，舀一勺混在牛奶里，就可以做菌种了。为保证制作成功，用成品酸奶做菌种的合理比例是1份酸奶加入10～20份的牛奶当中。但是，做成的自制酸奶最多只能再做一次菌种，传代的次数多了，酸奶凝固会越来越慢，风味也会变差，还可能因为污染杂菌而影响安全性。
